年少家贫，以抄书维生，乃历观经史、备尽坟籍，精研《老》、《庄》，叹曰：“美则美矣，然栖神冥累之方，犹未尽善也”。后见旧译《维摩经》，始知所归，因而出家。出家后，他“学善《方等》，兼通三藏”，才思幽玄又善谈说，不到二十岁即“名振关辅”。后罗什至姑臧(今甘肃武威)，僧肇自远从之，什嗟赏无极。罗什被后秦国王姚兴迎至长安，肇亦随入，参预罗什译场，详定经论。与道融、僧叡、道生合称“关中四杰”，在“般若中观学”方面，特别能够得到罗什真传，被誉为“解空第一”。410年至413年，曾至佛陀耶舍译场听新译《四分律》及《长阿含经》。414年早逝于长安，一说为姚兴所杀，辞世诗曰：“四大元无主，五阴本来空，将头临白刃，犹似斩春风。”，年仅三十一岁。

        僧肇本人集中国传统文化及印度龙树的中观学精髓于一身。印顺导师认为僧肇是中国“三论宗”的第二祖，其思想“切近龙树学的正义”。