赫拉克利特生于爱非斯一个贵族家庭。他本来应该继承王位，但是他将王位让给了他的兄弟，自己跑到女神阿尔忒弥斯庙附近隐居起来。据说，波斯国王大流士曾经写信邀请他去波斯宫廷教导希腊文化。赫拉克利特傲慢地拒绝了。他说：“因为我有一种对显赫的恐惧，我不能到波斯去，我满足于我的心灵既有的渺小的东西。”还有一则轶事说，他整天和小孩玩骰子。他对围观的人说：“你们这般无赖，有什么值得大惊小怪的！难道这不比你们参加的政治活动更好吗？”有人问他为什么保持沉默，他回答说：“为什么？好让你们去唠叨！”这些轶事虽然不完全可信，但是它们表明希腊哲学家已经开始脱离公共事务。其实，赫拉克利特也没有完全脱离政治。当爱菲斯城邦放逐了他的朋友赫尔谟多罗时，他气呼呼地说：“爱菲斯的每个成年人最好都将自己吊死，把城邦留给尚保持天真的少年。”他号召人民保卫法律，铲除暴虐。据说，他在隐居时，以草根和植物度日，得了水肿病。他到城里找医生，用哑谜的方式询问医生能否使阴雨天变得干燥起来，但医生不懂他的意思。他就跑到牛圈里，想用牛粪的热力把身体里的水吸出，结果无济于事，去世时大约60岁。