虽然亚里士多德写下许多经典的论文和对话录（西塞罗曾称赞亚里士多德的作品是“一系列的黄金”），大多数他的著作在今天都已经遗失，而少数保留下来的著作的真实性也经常受到质疑。亚里士多德的作品在历史上曾遭遗失而又重新寻获数次，一般认为目前保留下来的作品数量只有全部原始作品的五分之一的而已。

        有关亚里士多德作品的下落，斯特拉博曾经在他的《地理学》和《普鲁塔克传》书里提起，依据他的说法，作品的原稿在亚里士多德死后被传给他的学生泰奥弗拉斯托斯，泰奥弗拉斯托斯又把原稿交给弟子纳留（Neleus），纳留接着将它们从雅典带回瑟柏雪（Scepsis），在纳留去世后他的家人们将原稿收在地窖里，使得原稿逐渐腐烂。原稿直到1世纪才被来自提奥斯（Teos）的收藏家阿佩利孔（Apellicon）发现并买下，将它们带回雅典。依据这个说法，阿佩利孔试着修复一些原稿在地窖存放期间蒙受的损害，但也使得一些文字产生错误。当卢基乌斯·科尔内利乌斯·苏拉在公元86年占领雅典时，他将阿佩利孔的原稿带至罗马，原稿在60年被文法家第勒尼昂（Tyrranion）出版，接着又被逍遥学派（Peripatetic）的哲学家安德罗尼克斯（Andronicus）出版。

        不过，现代学者Carnes Lord则认为这个故事谣传已久只不过是因为它反映出“对消遥学派在第三世纪中快速衰退的最合理解释，以及解释亚里士多德著作里的大量知识在雅典时代后的遗失，同时也反映出亚里士多德学派在第一世纪的突然兴起。”，他认为这个故事的真实性并不可靠。首先他指出当时原稿的状态若在经过那么多年的耗损后，不可能被阿佩利孔的外行技术所修复。他也指出亚里士多德的许多著作在这个谣言据称藏于地窖的时期便已在雅典四处流传。另外，亚里士多德原稿的出版时间与谣传中安德罗尼克斯的出版时间不合，古代图书馆分类记载中亚里士多德文集出现的时间也早于那个时候。Lord认为《政治学》等书曾被后亚里士多德学派的成员所窜改，不过他也认为这些作品相对来说保留至今较为完整。

        在罗马时期结束后，亚里士多德的作品又在西方世界遭受第二次大量遗失。不过这次有许多东方的穆斯林学者和哲学家将他的作品保留下来，之中许多人还对他的作品进行广泛的研究和评论。亚里士多德的作品成为伊斯兰哲学中法尔萨法运动的重要基础，也影响了阿维森纳、亚维侯等人的思想。

        当法尔萨法运动的影响力传至西方世界时，克雷莫纳的翻译家杰拉德（Gerard of Cremona）开始翻译亚里士多德的作品。来自穆尔贝克的威廉（William of Moerbeke）也将一些作品翻译为拉丁文。当托马斯·阿奎纳撰写他的神学思想时，他开始阅读穆尔贝克的翻译，接着对于亚里士多德思想的兴趣和研究开始在西方世界复苏，亚里士多德学派于是得以在欧洲重现。